برخی کاربران آیفون 16، به‌ویژه مدل‌های پرو، از باگ‌های مختلف و مشکل خالی شدن سریع باتری در این دستگاه‌ها ناراضی هستند. این کاربران در انجمن‌های مختلف گزارش داده‌اند که گوشی آن‌ها به‌طور ناگهانی فریز شده و سپس ریبوت می‌شود. همچنین بسیاری از کاربران ادعا می‌کنند حتی زمانی که از اپلیکیشن خاصی استفاده نمی‌کنند، باتری گوشی آن‌ها با سرعت زیادی تخلیه می‌شود.
در گزارش‌های منتشرشده در پلتفرم‌هایی مانند ردیت و انجمن پشتیبانی اپل، کاربران آیفون 16 اشاره کرده‌اند که صفحه‌نمایش دستگاه به‌صورت تصادفی فریز می‌شود و دیگر به لمس واکنش نشان نمی‌دهد، یا عملکرد آن بسیار کند می‌شود. پس از این مشکل، گوشی به‌طور خودکار خاموش و روشن می‌شود. به‌علاوه، برخی از کاربران اعلام کرده‌اند که در حالت StandBy نیز گوشی به‌طور مکرر ریبوت می‌شود.
با وجود انتشار به‌روزرسانی iOS 18.0.1 توسط اپل برای حل برخی از مشکلات از جمله باگ لمس صفحه‌نمایش، به نظر می‌رسد که بسیاری از کاربران همچنان با این مشکلات مواجه هستند. یکی دیگر از مشکلات اصلی گزارش‌شده، خالی شدن سریع باتری است. برخی کاربران اشاره کرده‌اند که حتی در مواقعی که هیچ استفاده‌ای از گوشی نمی‌کنند، باتری آن به‌سرعت تخلیه می‌شود.
یکی از کاربران در این باره می‌گوید: “آیفون 16 پرو من که کاملاً جدید است، شب تا 85 درصد شارژ می‌شود و در طول روز تقریباً از آن استفاده نمی‌کنم. اما وقتی گوشی را بررسی می‌کنم، شارژ آن خالی شده است. AOD روشن است، ولی بدون والپیپر و تقریباً همیشه گوشی را به سمت پایین روی میز می‌گذارم. هیچ اپلیکیشنی در پس‌زمینه فعال نیست و موقعیت‌یاب گوشی نیز خاموش است.”